Anfang April 1940 rückte Hittinger bei dem „Landesschützen-Ersatz-Bataillon 17” in Laxenburg ein. Er war beschränkt tauglich und wurde nach seiner Grundausbildung im Innendienst einem Büro zugeteilt. Im Oktober wurde sein Bataillon nach Hainburg verlegt und nach einer abgelegten Prüfung wurde Hittinger zum Unteroffizier befördert. Im Februar 1941 wurde aus seiner und anderen Landesschützen-Einheiten das „Bataillon/Infantrie-Regiment 664” in Plock (Ostpreußen) formiert. Sein Bataillon wurde zur Kriegsgefangenen-Bewachung bei Bauarbeiten in Königsberg und Lötzen eingesetzt.
Am 22. Juni 1941 begann ohne Kriegserklärung der Deutsche Angriff auf die UdSSR. Während sein Bataillon an die Front mußte, hatte Hittinger Glück. Dank seiner Französischkenntnisse wurde er Anfang Juli 1941 dem „Bataillon/Infantrie-Regiment 589” im Raum Boulogne und am 1. April 1942 der Ortskommandantur B/713 in Boulogne-sur-Mer zugeteilt. Er war nun schon zwei Jahre Soldat, und je länger der Krieg dauerte, umso schwieriger wurde das Verhältnis zu seiner Frau. Das Ehepaar lebte sich auseinander. Durch seine Familie erfuhr er von dem Verhältnis seiner Frau mit seinem Freund, der wie es das Schicksal so wollte, kriegsuntauglich war. Seine Heimaturlaube verbrachte er trotzdem bei ihr in Deutsch-Wagram. Durch die Geschehnisse während seiner Abwesenheit kam es immer öfter zu Spannungen. Hittinger, der immer Anerkennung suchte, fühlte sich nur mehr bei seinen Kameraden wohl. Den Krieg verherrlichte er aber keineswegs. In seinem letzten Brief, den er am 12. März 1944 an seine Mutter schrieb, hoffte er:
„... auch dieser Krieg muß ja einmal ein Ende nehmen und dann werden wir wie an einen bösen Traum daran zurückdenken. Die Hauptsache ist doch, daß wir alle wieder gesund nach Hause kommen”.
Im April oder Mai 1944 verbrachte Hittinger seinen letzten Heimaturlaub in Deutsch-Wagram. Laut seinen Freunden und Verwandten hatte er eine Vorahnung. Er glaubte nicht mehr an seine Wiederkehr, als er nach Frankreich zurück mußte.
Am 6. Juni 1944 landeten die Alliierten Streitkräfte in der Normandie. Hittinger, der bis dahin immer weit von der Front entfernt war, befand sich nun in unmittelbarer Nähe des Frontverlaufes. Aber nur kurz, dann wurde er in das Landesinnere zum „Sicherungsbataillon 671” versetzt, welches der „Kommandantur Ostfrankreich” in Dijon unterstand. Wenige Tage später, am 15. Juni 1944 fiel Johann Hittinger im Alter von 38 Jahren in Uchon, westlich von Le Creusot, wo er auch begraben wurde. Obwohl Hittinger nie an der Front war, starb er durch die Kugel eines Partisanen an einer Kopfverletzung. Seine Kameraden, bei denen er sehr beliebt war, begruben ihn in einem Holzsarg.
Am 10. März 1958 wurden seine sterblichen Überreste auf den deutschen Soldatenfriedhof in Andilly nördlich der Stadt Toul verlegt.
Es hält sich aber auch hartnäckig das Gerücht, daß Hittinger Selbstmord begangen habe. Er wußte von dem Verhältnis seiner Frau und dachte auch an Scheidung, wußte aber nicht, wie es dann mit der Deutsch-Wagramer Kunst- Keramik weitergehen sollte. Die Werkstätte befand sich auf dem Grundstück des Schwiegervaters und war sein einziges Kapital. Wie dieser auf eine Scheidung reagieren würde, wußte er nicht. Hittinger hatte Angst, seinen Betrieb zu verlieren.